大村湾内に浮かぶ箕島と海面の一部を埋め立てることにより建設され、世界初の本格的海上空港として2,500m滑走路が整備され開港しました。空港が建設されることとなった周囲7kmほどの小さな箕島には、当時13世帯66人が生活していましたが、合意を得ることにより1972年から着工。3年後の1975年に完成し、長崎本土と空港をつなぐ長さ970mの箕島大橋も建設されました。1979年には上海への定期便が就航開始され、国際空港として運用が始まり、国内のみならず海外からも多くの観光客が訪れています。現在滑走路は3,000mへと拡張された長崎空港は沖縄や離島など各所への就航便が増加。世界に開かれた空港として九州でも多くの利用客を誇っています。

島のほぼ中央に位置する対馬空港は1,500m滑走路が整備され昭和50年に開港しました。開港後には大型輸送化を目指し設備拡充を実施し、昭和58年には滑走路を1,900mへ延長する拡張工事の末に県営空港初となる「ジェット化」が実現したことで本土へのアクセスが格段に向上しました。愛称「対馬やまねこ空港」の名で親しまれ、ANAとORCが就航。九州の主要都市である福岡と長崎を結ぶ定期便が運行され、重要な役割を担っています。また、対馬空港は標高97mの白連江山を切り開き造られています。そのため、北にはリアス式海岸線の「浅茅湾」が、南には壱岐・対馬国定公園に指定される「玄海灘」に望む山岳空港としても有名です。