・JAL
・ANA
・ジェットスター
・ソラシドエア
・スカイマーク
したがって、長崎空港-東京間を運航するLCCは、ジェットスター、ソラシドエア、スカイマークの3社となります。それぞれ発着先が異なりますので、航空券を予約する前に必ず確認しておきましょう。
長崎空港-成田空港間の便があるのはジェットスターのみ、羽田空港間ではソラシドエアとスカイマークの便があります。ただし、スカイマークを利用する場合、途中で神戸空港を経由して乗り換えの必要がありますので、他2社の便よりも所要時間がかかってしまいます。
長崎空港-東京(羽田/成田)着の時刻表

長崎-東京(羽田/成田) の航空券 トラべリストより表引用
※2018年11月調査時点、2019年2月28日の時刻表
長崎空港発-東京(羽田/成田)着の始発はスカイマークの7:40の便、最終便はソラシドエアの21:15の便です。ただし、スカイマーク7:40の便は始発と言っても神戸空港経由となりますので、次のJALの7:55の便あるいはANAの8:35の便の方が羽田空港には早く着きます。
LCCではないですが、時間がタイトな場合は予約の際注意しておきましょう。
東京(羽田/成田)発-長崎空港着の時刻表

東京(羽田/成田) -長崎の航空券 トラべリストより表引用
※2018年11月調査時点、2019年2月28日の時刻表
東京(羽田/成田)発-長崎空港着の始発はソラシドエアの6:55の便、最終便はANAとJALの19:15の便です。LCCの最終便はソラシドエアの18:40の便となります。
ジェットスターの便は9:00発の1便だけですが、出発が成田空港ですので注意しておきましょう。
また、同じくスカイマークの便は神戸空港を経由するため所要時間がかかります。時間がタイトな場合はこちらも注意しておきましょう。